обращайтесь

Разные налоговые периоды. В любом случае Вам нужно успеть до 30 апреля 2014 г отчитаться за 2013г. и уплатить 13% с суммы 2млн р (3млн - 1 млн (вычет)). ст 220 НК РФ.
Если же он не пользовался вычетом, то в 2015г он получит возврат НДФЛ за купленную Вами квартиру в 2014г.
Также, Вы должны знать, что если Вы в браке, а Вы не получали вычета, то Вы также имеете на это право, даже если квартира на Вас не оформлена.
И не забывайте, что 13% можно вернуть не только с 2 млн р, но и с %% по кредиту.
Удачи, коллега.

Не путайте сделки физических лиц и предпринимательство, в одном случае 13% в другом зависит от ставки налогообложения. не совсем понятен вопрос...

Светлана, то, что он ИПшник, к квартире не имеет никакого отношения, если он не использовал ее в предпринимательской деятельности. Хотя, наверное, можно как-то оформить все так, чтобы продажу квартиры ему зачли, как ИПшнику и взяли налог не 13% с двух миллионов, а 6%, но тогда уже с трех миллионов.
Не совсем понятно из текста, но если он продал в 2013 году, а купил в в 2014 году, то за продажу придется платить налог с двух миллионов 13%=260 000р. А по покупке новой квартиры он сможет получить вычет только в том случае, если он имеет доход, облагаемый по ставке 13%. Откуда взялась сумма налога в 143тыс. и 13 000 - вообще не понятно.
Если же сделки состоялись в одном году, то возможен взаимозачет обязанности по уплате налога на налоговый вычет за покупку.

Мне кажется такие вопросы не должно задавать агентство недвижимости.

Заполните налоговую декларацию и все встанет на свои места.