покупка другой недвижимости не влияет на продажу первой.

В вашем примере налог будет рассчитан так:
6 000 000 - 4 500 000=1 500 000
итого налог = 195 000

Увы, но заплатить придется!

В условиях приведённых цифр - налог возникнет. Если вы - физическое лицо и налоговый резидент, то ставка обложения - 13%, если нет, то 30.

Платить придётся 13% с суммы разницы между ценами приобретения и продажи объекта.

Добрый день!
Вопрос настолько абстрактный, что ответить на него однозначно невозможно.
Что автор вопроса подразумевает под понятием "коммерческая недвижимость" ? Это нежилое или это квартира для последующей сдачи её в аренду?
Одно можно сказать уверенно, размер налога на доходы физических лиц (НДФЛ) зависит от полученного налогоплательщиком НАЛОГООБЛАГАЕМОГО дохода от продажи имущества и наличия у этого налогоплательщика права на имущественные налоговые вычеты. Подробнее - ст. 220 НК РФ.
Однако, следует сказать другое. Если, например, у проданной квартиры было шесть собственников, то, при правильном оформлении договоров на продажу этой квартиры за общую сумму 6 млн. руб. налога к уплате ни у кого из этих собственников не будет. Только обязанность - своевременно подать каждому правильно заполненную декларацию о доходах по форме 3-НДФЛ.

если бы была куплена не коммерческая, а жилая недвижимость, то при определенных условиях этот налог можно было бы покрыть налоговым вычетом на покупку нового жилья.
А так - ничего не поделать - налог 195 000р.